Di fronte al lago di Lesina, a sole 10 miglia marine dalla costa, sono localizzate le Isole Tremiti. L'arcipelago è costituito da tre isole principali, San Domino, San Nicola e Capraia, dalla piccola e disabitata isola di Cretaccio e dal caratteristico scoglio denominato La Vecchina.

Anticamente erano chiamate Insulae Diomedeae dal mitico eroe greco Diomede, compagno di Ulisse. La leggenda narra che ritornando ad Argo trovò sua moglie infedele e riprese il mare con i suoi compagni. Approdò nella Daunia fondandovi numerose città, ma morì e fu sepolto nell’’arcipelago che da lui prese il nome. I suoi compagni furono trasformati da Venere in uccelli – le diomedee o procellarie – che con il loro stridulo lamento ricordano ancora la morte del loro re.

I Romani chiamarono le isole Trimerus o Tremetis o ancora Tremetum, come si legge negli Annali di Tacito e molto probabilmente l’etimo può risalire al numerale latino Tres (neutro Tria) essendo tre le isole maggiori. Scrive Tacito che al tempo di Tiberio vi morì Giulia, nipote di Ottavio Augusto che lì la relegò a causa della sua vita dissoluta. Vi rimase 20 anni e fu seppellita sulla stessa isola di San Nicola.

Nel Medioevo si affermò l’attuale toponimo e i nomi di San Domino e San Nicola sono dovuti alla presenza di antiche chiese dedicate al culto di questi santi. L’isola Capraia deve il suo nome alla presenza sulle sue pendici di numerosi cespugli di capperi.

Nel Medioevo notevole importanza acquistò il Monastero fondato nel 1010 dai Benedettini Cassinesi sull’isola di San Nicola. Monastero definito “un Mont-Cassin en plein mer” e la cui Chiesa-Fortezza di Santa Maria e i suoi resti  rimangono gioielli architettonici di mirabile bellezza.

L'abbazia fu soppressa nel 1780 con decreto di Ferdinando II che vi sostituì una colonia penale. Il fascismo le trasformò da colonia penale in confino politico per i dissidenti del regime.

Attualmente solo 300 abitanti vi risiedono tutto l’anno, in particolare sull’isola di San Nicola ove è presente l’antico nucleo abitativo, mentre durante l’estate il turismo porta sulle isole centinaia di appassionati di sea watching. I fondali delle isole sono uno spettacolo meraviglioso per la varietà di pesci e conchiglie presenti e, dal 1998 ospitano la più grande statua sottomarina mai realizzata al mondo raffigurante un solare Padre Pio da Pietrelcina opera dello scultore foggiano Domenico Norcia.